Debería poder hacerlo así (construyendo la consulta como una cadena):
$query = $em->createQuery('SELECT COUNT(u.id) FROM Entities\User u');
$count = $query->getSingleScalarResult();
Debería poder hacerlo así (construyendo la consulta como una cadena):
$query = $em->createQuery('SELECT COUNT(u.id) FROM Entities\User u');
$count = $query->getSingleScalarResult();