Si haces una tabla UPDATE LOW_PRIORITY table ... se asegurará de que solo ejecute su actualización cuando no esté haciendo nada más. Además de eso, no creo que haya muchas opciones dentro de MySQL.
Además, ¿está causando problemas ahora o simplemente está optimizando algo que no es un problema? Personalmente, si hiciera actualizaciones por lotes como estas, simplemente insertaría todas las ID en Memcached y usaría un cronjob para actualizar cada 5 minutos.
