Las variables Mysql no funcionan a través de la consulta php mysql

En lugar de configurar las variables en un SET separado , ¿ha intentado usar un CROSS JOIN :

$query = " 

SELECT `id`,
  `rank`,
  @num := if(@points = `rank`, @num, @num + 1) as `point_rank`
FROM `said`
CROSS JOIN (SELECT @points:=-1, @num:=0) c
ORDER BY `rank` *1 desc, `id` asc";