Según MySQL documentación "matar conexión thread_id" debe terminar la conexión asociada con el thread_id dado. Pero parece que eso no está sucediendo (en cuyo caso, el subproceso de Java esperará una respuesta para siempre). Tal vez pueda verificar que la conexión esté realmente cerrada usando alguna herramienta de red (por ejemplo, netstat).
Me encontré con conexiones MySQL colgantes antes y tuve que recurrir al uso de socketTimeout Parámetro de conexión JDBC (pero tenga cuidado:el socketTimeout debe ser mayor que el tiempo que lleva completar la consulta de ejecución más larga). También puede intentar usar Tiempo de espera de consulta para una declaración preparada.
