Actualización de cadena vacía a NULL para toda la base de datos

No es posible hacer esto con una sola instrucción SQL.

Pero puede hacerlo usando una instrucción para cada columna.

UPDATE TABLE SET COLUMN = NULL
WHERE LENGTH(COLUMN) = 0

o, si desea anular los elementos que también tienen espacios en blanco:

UPDATE TABLE SET COLUMN = NULL
WHERE LENGTH(TRIM(COLUMN)) = 0