No puede usar @GeneratedValue con @EmbeddedId , @Embeddable o @IdClass , el @GeneratedValue la anotación se ignora.Tienes que asignar manualmente los valores.
Verifique las siguientes referencias:
https://java.net/jira/browse/GLASSFISH-13567
https://forums.hibernate.org/viewtopic.php?p=2393944&sid =57b20ef2c7de6f6bcba632130987bc22
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