En mysql workbench, el modo seguro está habilitado de forma predeterminada, por lo que si WHERE cláusula no tiene una clave, evitará ejecutar la consulta. Intente deshabilitar eso siguiendo estos pasos -
Edit> Preferences> Sql Editor> uncheck the "Safe Updates"
Nota - intente volver a conectar el servidor (Query> Reconnect to Server ) y luego vuelva a ejecutar su consulta.