Esto depende de su motor de almacenamiento,
Para MyISAM y para InnoDB en MySQL 5.6+, puede configurar AUTO_INCREMENT valor para que la tabla diga 1 . Ese valor se incrementará automáticamente al valor actual máximo + 1. Hazlo así.
ALTER TABLE table_name AUTO_INCREMENT = 1;
Para InnoDB en MySQL <5.6, esto no funcionará y deberá hacerlo manualmente de esta manera:
SELECT MAX(autoincrement_field) + 1 FROM table_name INTO @maxautoinc;
ALTER TABLE table_name AUTO_INCREMENT = @maxautoinc;
Tenga en cuenta que en este último caso, las dos consultas deberán ejecutarse con la misma conexión de base de datos.
