Compruebe si Tomcat y MySQL ya están instalados en la máquina

Si Tomcat está instalado como un servicio en Windows, puede verificar el registro:HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Apache Software Foundation\Tomcat\[version]\InstallPath .

Para leer el registro desde Java, necesitaría usar algo como JNA , los métodosAdvapi32Util.registryGetKeys() y Advapi32Util.registryGetStringValue() puede ayudar.