Usando COUNT en GROUP_CONCAT

Necesitas COUNT() con GROUP BY en un SELECT interno cláusula primero y luego aplicar GROUP_CONCAT();

SELECT GROUP_CONCAT(cnt) cnt
FROM (
    SELECT COUNT(*) cnt
    FROM table1
    GROUP BY fk_company
) q;

Salida:

|   CNT   |
-----------
| 3,2,3,1 |

Aquí está SQLFiddle demostración.