seleccione para actualizar con mysql distinto

UPDATE table AS t
  JOIN table AS tt
    ON t.initials = tt.initials
     AND t.surname = tt.surname
     AND t.company = tt.company
     AND t.id > tt.id
SET t.active = 1;

Es decir, para cada fila, actualícela si existe otra fila con un id más bajo, con las mismas iniciales, apellido y empresa.

Aquí hay un sqlfiddle por ello.