site.cfg en el mismo directorio que setup.py estaba buscando la clave de registro incorrecta, al final del archivo es
# The Windows registry key for MySQL.
# This has to be set for Windows builds to work.
# Only change this if you have a different version.
registry_key = SOFTWARE\MySQL AB\MySQL Server 5.0
Me sumergí en el registro y encontré HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\MySQL AB\ y vi que tenía 5.1 en su lugar,
reportando otro error ahora, pero esta pregunta está resuelta al menos;)
