Asumiendo que estás en una plataforma UNIX/Linux, la idea es que hagas un
ssh -L 3306:mysql-server:3306 [email protected]
Desde dentro de su aplicación Spring Boot, se conecta a localhost:3306
que se reenvía al mysql-server
en el puerto 3306
.
Si lo hace directamente dentro de Spring Boot, debe ir con Java Secure Channel . Se describe un ejemplo de reenvío de puertos aquí .