Lo más probable es que la red esté desactivada, lo que significa que el servidor mysql se comunica con los clientes a través de sockets UNIX y no a través de TCP/IP. Puede verificarlo ejecutando el cliente mysql y ejecutar el comando "estado". Si ve el número de puerto allí, entonces su servidor mysql se comunica a través de TCP/IP, o verá algo como "nombre de la ruta del socket...", obtenga el nombre de la ruta y déselo a los parámetros de conexión de node.js, por ejemplo,
...socketPathname:'/opt/lampp/var/...',...
Compruébalo en https://github.com/felixge/node-mysql página (busque "socketPathname")
Espero, ese es tu problema.
