MySQL:consulta con dos relaciones de muchos a muchos y duplicados, con datos completos de subconsultas

Puedes obtener los datos que quieras usando JOIN s en la subconsulta. Si solo quiere los nombres, puede usar:

SELECT a.id, a.title,
       (SELECT JSON_ARRAYAGG(au.name)
        FROM article_author aa JOIN
             author au
             ON au.id = aa.author_id
        WHERE a.id = aa.article_id
       ) as authors,
       (SELECT JSON_ARRAYAGG(t.tag)
        FROM article_tag art JOIN
             tag t
             ON art.tag_id = t.id
        WHERE a.id = art.article_id
       ) as tags
FROM article a;

No estoy seguro de qué estructura de datos desea con los identificadores y los nombres. Si desea una matriz de objetos JSON con dos campos en cada objeto:

SELECT a.id, a.title,
       (SELECT JSON_ARRAYAGG(JSON_OBJECT('name', au.name, 'id', au.id))
        FROM article_author aa JOIN
             author au
             ON au.id = aa.author_id
        WHERE a.id = aa.article_id
       ) as authors,
       (SELECT JSON_ARRAYAGG(JSON_OBJECT('tag', t.tag, 'id', t.id))
        FROM article_tag art JOIN
             tag t
             ON art.tag_id = t.id
        WHERE a.id = art.article_id
       ) as tags
FROM article a;

Aquí es un db<>fiddle para esta versión.