Eliminar filas duplicadas que tengan un recuento mayor que 1 en mysql

En MySQL no puede seleccionar de una tabla que está eliminando al mismo tiempo. Pero con una tabla temporal puedes superar este problema

DELETE FROM `users_acl` 
WHERE userID IN
(
    SELECT * FROM
    (
       SELECT userID
       FROM `users_acl`
       GROUP BY userID 
       HAVING COUNT(userID) > 1
       AND SUM(`acl` = 4) > 0
   ) tmp
);

o usa un join en cambio

DELETE u
FROM `users_acl` u
JOIN 
(
    SELECT userID
    FROM `users_acl`
    GROUP BY userID 
    HAVING COUNT(userID) > 1
    AND SUM(`acl` = 4) > 0
) tmp on tmp.userID = u.userID