Ingrese el valor del texto basado en el valor de la opción seleccionada cargada dinámicamente desde sql db

Puedes hacer esto de 2 maneras:

Primera vía es redireccionando la página que tiene un $_GET parámetro que contendrá la identificación del producto:

<div class="row-fluid">
    <div class="span3">
        <label>SKU</label>
        <?php  echo '<select name="ITEM" id="user" class="textfield1" 
                      onchange="document.location=\'my-page.php?pid=\' + this.value">';
        while($res= mysql_fetch_assoc($sql))
        {
          echo '<option value="'.$res['productID'].'"';
          // LATER EDIT
            if(isset($_GET['pid']) && $_GET['pid'] == $res['productID'])
              echo 'selected="selected"';
          // END LATER EDIT
          echo '>';
          echo $res['SKU'] ; 
          echo'</option>';
        }
        echo'</select>';

        ?>
    </div>
</div>
<div class="row-fluid">             
    <div class="span3">
        <label>Description</label>
        <?php
            if(isset($_GET['pid']) && is_numeric($_GET['pid'])) {
                $sql = mysql_query("SELECT description 
                                    FROM products 
                                    WHERE product_id='" . mysql_real_escape_string($_GET['pid']) . "'");
                $row = mysql_fetch_assoc($sql);
            }
        ?>
        <input type="text" name="description" value="<?=$row['description']?>"/>
    </div>
</div>

Segunda vía es tener una llamada ajax y completar la entrada de descripción dinámicamente, sin actualizar la página

// this is the JS code
$(document).ready(function(){
   $('#user').change(function(){
       $.POST("my-ajax-call-page.php",
               {pid: $("#user").val()},
               function(data){
                   $('input[name="description"]').val(data.description);
               }, "json");
   });
});

y su my-ajax-call-page.php debería ser así:

<?php
    include("mysql-connection.php");

    $sql = mysql_query("SELECT description 
                        FROM products 
                        WHERE product_id='" . mysql_real_escape_string($_POST['pid']) . "'");
    $row = mysql_fetch_assoc($sql);

    echo json_encode("description" => $row['description']);
?>

Encontrará muchos ejemplos y documentación para usar la biblioteca jQuery en sitio web de la biblioteca jQuery