Establecer prioridades entre procesos mysql

Esto suena como un problema de bloqueo de la base de datos. Recomiendo obtener una herramienta como innotop y observando de cerca lo que está sucediendo en la base de datos. En particular, echaría un vistazo cuidadoso a las tablas abiertas, los bloqueos y las consultas activas cuando se ejecuta la aplicación Grials.