De su pregunta, asumo que puede trabajar perfectamente con su base de datos, pero este error ocurre a menudo después de un tiempo dado de que la conexión está activa...
Supongamos que está utilizando node-mysql
Fuente:https://github.com/felixge/node-mysql #manejo-de-errores
Su error finaliza su conexión a la base de datos:
// I am Chuck Norris:
connection.on('error', function() {});
A partir de esto, puede verificar el estado de la conexión y realizar una reconexión si es necesario.
También puede intentar conectarse manualmente a su servicio mysql y cambiar el tiempo de espera de la solicitud:
wait_timeout” : the amount of seconds during inactivity that MySQL will wait before it will close a connection on a non-interactive connection in seconds.
http://www.serveridol.com/2012/ 13/04/mysql-interactive_timeout-vs-wait_timeout/
https://support.rackspace.com/how-to/how-to-change-the-mysql-timeout-on-a-server/
