Codeigniter no puede eliminar filas de la tabla de la base de datos usando el método de unión

Utilice subconsultas.

ejemplo

#Create where clause
$this->db->select('id');
$this->db->from('table2');
$this->db->where('table2.title', $title);
$where_clause = $this->db->get_compiled_select();

#Create main query
$this->db->where('table1.user_id', $user_id); 
$this->db->where("`id` NOT IN ($where_clause)", NULL, FALSE);
$this->db->delete('table1'); 

Referencias

• robado de aquí:https://stackoverflow.com/a/16303021/1275832
• sobre subconsultas:http://www.mysqltutorial.org/mysql-subquery/
• selección compilada:https://github.com/NTICompass/CodeIgniter-Subqueries