mySQL suma de dos valores en 2 tablas diferentes

Necesitas UNION las dos tablas:

SELECT reference, SUM(quantity) AS total_quantity
FROM (
  SELECT reference, quantity
  FROM table_1

  UNION ALL

  SELECT reference, quantity
  FROM table_2) AS t
GROUP BY reference

De esta manera, tiene la garantía de obtener un registro para una reference valor incluso si está contenido en solo una de las dos tablas.