Eliminando la última coma dentro del ciclo while - PHP

Todo su enfoque es incorrecto, no debe intentar crear JSON a mano. Coloque todas las filas en una matriz y deje que json_encode() hacerlo todo por ti.

$result = array();
while ($r = mysql_fetch_assoc($sth)) {
    $result[] = $r;
}
echo json_encode($result);