Hay varias formas de hacerlo.1. Convierta su CSS a PHP, es decir, se genera CSS, pero todo puede ser dinámico, probablemente excesivo para algunos colores2. Sobrescribir los estilos en la hoja de estilo
La forma más sencilla, aunque probablemente no la mejor, es la número 2, sobrescribir el estilo después de la hoja de estilo con el nuevo color.
es decir (código sudo)
<html><head>
....
<style ... src="..." />
<style>
// from db
#custom { background: #<?php echo $colour; ?> }
</style>
etc.
