¿Cómo encontrar duplicados en la tabla mysql usando PHP?

Puede GROUP BY email con HAVING COUNT(*) > 1 para encontrar todas las direcciones de correo electrónico duplicadas, luego una los correos electrónicos duplicados resultantes con su tabla para obtener las identificaciones:

SELECT id FROM my_table NATURAL JOIN (
  SELECT email FROM my_table GROUP BY email HAVING COUNT(*) > 1
) t