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MySql Actualizar una tabla desde otra falla

Se establecerían en NULL si no hay coincidencias.

Comenzaría usando JOIN sintaxis para la actualización:

UPDATE customers c JOIN
       prospects p
       ON p.prospect = c.entry_company_tax_id
    SET c.entry_company_tax_id = p.account;

Esto tiene la ventaja de que solo actualizará los registros coincidentes, por lo que no hay nuevos NULL valores (a menos que p.account es NULL ).

Luego, puedes investigar si ese es el JOIN correcto. clave para las dos tablas. ¿Utilizas entry_company_tax_id? se usa tanto para JOIN y para el valor del campo?