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cronjob leyendo de una base de datos y escribiendo en otra

En resumen, no. El script SQL solo le proporcionaría comandos para ejecutar en el servidor de la base de datos. Todavía necesita algo para hacer conexiones de servidor. SQL no hará eso por usted, no es para lo que está destinado SQL.

Deberá usar un cliente, mysql/python o lo que más le convenga. Te sugiero que no compliques las cosas innecesariamente. Lo que estás haciendo ahora parece estar bien.