Clases que están en su <select> original se copian en el <div> generado por Select2, por lo que no debe esperar obtener su <select> original simplemente usando un selector de clase.
Lo que está sucediendo en este momento es que está configurando el .html() del <div> en lugar del <select> , por lo que ya no se muestra correctamente. en lugar de hacer
$(".cr_coursedescription").html(html);
Deberías probar
$("select.cr_coursedescription").html(html);
Entonces solo obtiene el <select> elemento.
