La declaración LIMIT de MariaDB trae más que un límite

Su consulta solo devuelve 1 fila, que es menos de 3500.

Si desea limitar el número de filas que se cuentan, debe incluirlo en una subconsulta.

SELECT COUNT(*)
FROM (
    SELECT 1
    FROM registrations
    WHERE selectedtime IS NULL AND expirationtime < NOW()
    LIMIT 3500) AS x