He escrito varias aplicaciones que mezclan y combinan bases de datos relacionales y no relacionales (MySQL, Mongo, PostGRES y Riak). En realidad, no es particularmente difícil en Rails hacer esto, e incluso escribí una biblioteca que crea relaciones entre diferentes tipos de bases de datos (por lo que sus modelos Ripple pueden "pertenecer_a:usuario" donde está la tabla de usuarios en MySQL).
Siempre debe dejar que sus necesidades guíen las decisiones. No pierda el tiempo calzando a sus usuarios en Mongo si se siente más cómodo manteniéndolos en una base de datos relacional, o tratando de enviar información de informes que puede no estar normalizada en una tabla MySQL. El análisis de las entidades que está almacenando y las relaciones entre ellas impulsarán sus implementaciones.
