Actualice varias tablas en una sola consulta en mysql

Puedes probar el siguiente código:

UPDATE tab1, tab2, tab3
SET tab1.a = '', tab2.b = '',tab3.c = ''
WHERE tab1.id = 3 AND tab2.id = 9 AND tab3.id = 5;

ACTUALIZACIÓN:

Según lo mencionado por OP, el código no funciona para Mysql 5.5 , debajo del código agregado

UPDATE tab1 a 
  INNER JOIN tab2 b ON (a.id = b.id)
  INNER JOIN tab3 c ON (a.id = c.id)
SET tab1.a = '', tab2.b = '', tab3.c = ''
WHERE a.id = 3 AND tab2.id = 9 AND tab3.id = 5;