MIENTRAS error de sintaxis en MySQL

Parece que está intentando ejecutar este código de procedimiento como un bloque anónimo. Si bien esto funciona en algunas bases de datos (como Oracle), no se puede hacer en MySQL.

Si desea ejecutar esto, colóquelo en un procedimiento almacenado y luego llame al procedimiento. Por lo tanto:

Crear procedimiento

DELIMITER $$

CREATE PROCEDURE `foo_update_routine`()
BEGIN
  WHILE ((SELECT COUNT(*) FROM 
    (SELECT id, COUNT(*) AS cnt
      FROM foo
      GROUP BY id
      ORDER BY COUNT(*) DESC
    ) cnts
    WHERE cnt > 1) != 0) 
  DO
    SET @curr_id = (SELECT id FROM 
      (SELECT id, COUNT(*) AS cnt
         FROM foo
         GROUP BY id
         ORDER BY COUNT(*) DESC
      ) cnts
      WHERE cnt > 1
      LIMIT 1);

    SET @new_id = (SELECT MAX(id) + 1 FROM foo);

    UPDATE foo SET id = @new_id 
      WHERE id = @curr_id 
      LIMIT 1;

  END WHILE;
END $$

Procedimiento de llamada

CALL `foo_update_routine`;

PD Es posible que desee investigar la cláusula HAVING para sus declaraciones selectas...