Devolver resultados faltantes de la tabla muchos a muchos

Eso sí, no estoy familiarizado con Zend-Framework, por lo que es posible que tenga que adaptar esto un poco. Pero necesitas usar Brands como la tabla primaria/primera, para que pueda obtener primero todos los registros de esa tabla y luego compararlos con el resto de las tablas.

public function getUserBrands($userId) {
    $select = new Select();
    $select->from(array('b' => 'brands'));
    $select->join(array('bu' => $this->table), 'bu.brandId = b.id', array('id','name'),Select::JOIN_LEFT);
    $select->join(array('u' => 'users'), 'u.id = bu.userId', array('id','username'),Select::JOIN_LEFT);
    $where = new Where();
    $where->equalTo("bu.userId",$userId);
    $select->where($where);
    return $this->branduserTable->selectWith($select)->toArray();
}