¿Cómo hacer que el estado de la casilla de verificación esté marcado o no en los valores de la base de datos?

Prueba

if($row->IsActive==1)
{
    echo '<td><input type="checkbox" checked="checked" name="status" id="status"/></td>';
}
else
{
    echo '<td><input type="checkbox" name="status" id="status"/></td>;
}