mysql select y donde en varias tablas (muy complicado)

Creo que necesitas algo en este sentido general. Lo he hecho ligeramente diferente de tu pregunta. En lugar de obtener el top 10 y luego eliminar registros. Obtiene los 10 registros principales que no estarían ocultos.

SELECT c.ID, c.fromuserid, c.roomid, c.text, u.nickname
FROM chats c
JOIN user u ON c.fromuserid = u.id
where c.roomid = 3 AND user.banned = 0
AND NOT EXISTS(
              SELECT * FROM hide h 
              WHERE h.hideuser = c.fromuserid
              AND orguser = $userid) 
ORDER BY c.ID DESC
LIMIT 0,10