Cuando te entiendo bien, lo que buscas es esto:
cur.execute(""" INSERT INTO logs (1, 2, 3) VALUES (%s, %s, %s) ON DUPLICATE KEY UPDATE 1=%s, 3=%s """, (line[0], line[1], line[2], line[0], line[2]))
Compruebe también Insertar en duplicado .
Cuando te entiendo bien, lo que buscas es esto:
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