Encontré la respuesta yo mismo, tuve que separar la consulta en varias subconsultas.
SELECT
mq.*,
@indexer := @indexer + 1 AS indexer
FROM
(
SELECT
p.id,
p.tag_id,
p.title,
p.created_at
FROM
`posts` AS p
LEFT JOIN
`votes` AS v
ON p.id = v.votable_id
AND v.votable_type = "Post"
AND v.deleted_at IS NULL
WHERE
p.deleted_at IS NULL
GROUP BY
p.id
) AS mq
JOIN
(SELECT @indexer := 0) AS i
Aparentemente, eso causó una gran cantidad de filas accedidas para la consulta (según EXPLAIN
), pero logró arreglar eso también con índices adicionales. La respuesta completa a ese problema se puede encontrar aquí:Calcular índices de fila con subconsultas que tienen uniones, da como resultado filas examinadas A*B