Error de relación de Laravel:propiedad indefinida:Illuminate\Database\Eloquent\Collection::$id en la línea 1

Bueno $company->employees devuelve una colección, ->id no es una propiedad en la colección, por eso obtienes el error.

Si desea recuperar una matriz que contenga todas las identificaciones de sus empleados, puede hacer esto:

$company->employees()->lists('id');

Si estás leyendo esto y usas laravel ^5.3.* entonces la respuesta sería:

$company->employees()->pluck('id');

Esto devolvería una colección con todas las identificaciones, si desea que sea una matriz, puede encadenar ->toArray() detrás de él.