Tabla generada por Mysql PHP:no funciona con Tablesorter

$.load() realiza una solicitud asíncrona, es decir, la función no espera a que lleguen los datos antes de regresar. Por lo tanto $("table").tablesorter(); se ejecuta muy probablemente antes de agregar la tabla al documento. Conviértalo en una llamada síncrona o (aún mejor) pase un controlador para que se cargue el evento completo.

http://api.jquery.com/load/ :

<script type="text/javascript">
  $(document).ready(function() { 
    $("#container").load(
      "table.php?randval="+Math.random(),
      null,
      function (responseText, textStatus, req) {
        $("table").tablesorter();
      }
    );
  }); 
</script>