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¿Cómo estructurar los datos de categorías en la base de datos?

Haz tres tablas. Uno para la página, otro para las categorías (junto con la metainformación, etc.) y otro para unirlos. Esa última tabla solo necesita tener un ID de página y un ID de categoría para vincular los registros de ambas tablas.

Nunca almacene valores separados por comas en una base de datos, si necesita usarlos en combinaciones o búsquedas.