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¿Cuál es la mejor manera de validar XML contra XML Schema, analizándolo y almacenando datos en la base de datos MySQL usando Perl?

XML Xerces se adaptará a sus necesidades. Lo estoy usando y me gusta mucho.

Además de tu primera edición:

Dado que su archivo XMl es muy grande, debe pensar en optimizar su proceso de análisis, ya que se puede usar mucha memoria y tiempo para eso.

Encontré un buen ejemplo pequeño para comenzar:

Validación XML con Perl

Otro Agregar:

Si no desea escribir XML simple en su base de datos... es importante que vigile sus datos, ya que su validación está desactualizada después de haberla escrito en la base de datos en una forma diferente. Asegúrese de validar con un buen esquema y algunos validadores adicionales. XML grande puede ser complicado a veces.