Recomendaría mantener cualquier cosa específica de la base de datos oculta detrás de un servicio web.
Si crea una dependencia de MySQL en su aplicación y luego descubre que necesita cambiar las bases de datos, toda la base instalada debe eliminarse. Piensa en la logística de lograr eso durante unos minutos y comenzarás a darte cuenta de que es una pesadilla.
