¿Cómo puedo actualizar la tabla, si la tabla existe con información de MySQL?

Puede hacer uso de Mysqldump. Hay una opción para no usar datos.

mysqldump -uYourUserName -p=YourPassword databasename --no-data --routines > "dump.sql"

Puede importar la estructura de la tabla. también hay diferentes opciones para usar crear si no existe o descartar si existe para que pueda adaptarlo a sus necesidades. Recomiendo descargar Mysql Workbench, se hace fácilmente con esa herramienta.

Información sobre mysqldumphttp://dev.mysql.com/doc/ refman/5.6/en/mysqldump.html