Actualice varias columnas para varias filas en una consulta de SQL

prueba esto

 update user
 set ext_flag = 'Y', admin_role = 'admin', ext_id = 
 case 
 when user_id = 2 then 345
 when user_id = 4 then 456
 when user_id = 5 then 789
 end
 **WHERE user_id  in (2,4,5)**