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¿Por qué fputcsv produce columnas duplicadas?

El método PDO fetchAll() tiene un parámetro fetch_style que como se documenta devolverá una matriz con claves asociativas tanto numéricas como nombradas, lo que hará que tenga duplicados cuando itere sobre la matriz.

Puede configurarlo usando una de las constantes PDO Fetch documentadas aquí - todos comienzan con PDO::FETCH_ y utilícelo para obtener una matriz asociativa (PDO::FETCH_ASSOC ) o una matriz numérica (PDO::FETCH_NUM )

return $statement->fetchAll(PDO::FETCH_ASSOC);