Configure múltiples 'grupos de conexión' para cada servidor en su archivo de configuración database.php, luego en el Modelo:
$DB1 = $this->load->database('group_one', TRUE);
$DB2 = $this->load->database('group_two', TRUE);
//read from DB1
$DB1->query();
//write to DB2
$DB2->insert();
Vea ejemplos en:Conexión a múltiples bases de datos
