Su base de datos probablemente se creó con una configuración regional diferente.
Comprobar \l+ en psql en las versiones antiguas y nuevas. Tendrán configuraciones locales diferentes.
Otras posibilidades son diferentes sistemas operativos/versiones. PostgreSQL usa las reglas locales de libc, y algunas plataformas (sobre todo Mac OS X) tienen un poco de... especial... libc.
En 9.1.9 con un en_AU.UTF-8 base de datos que se ejecuta en Fedora 19 obtengo:
regress=> select lower('Æ');
lower
-------
æ
(1 row)
