Simplemente agregue server_default o default argumento a los campos de la columna:
created_on = db.Column(db.DateTime, server_default=db.func.now())
updated_on = db.Column(db.DateTime, server_default=db.func.now(), server_onupdate=db.func.now())
Prefiero el {created,updated}_on nombres de columna;)
Documentos de SQLAlchemy sobre inserción de columna/actualización de valores predeterminados .
[Editar]: Código actualizado para usar server_default argumentos en el código.
[Edición 2]: Reemplazado onupdate con server_onupdate argumentos.
