Seleccione columnas de la llamada de función en sqlalchemy core

Deberá usar FunctionElement.alias() y el peso ligero column() :

from sqlalchemy import func, select, column

stmt = select([column('col1'), column('col2')]).\
    select_from(func.my_function().alias())

La documentación menciona específicamente a Postgresql como un caso de uso para esta construcción. Lo anterior produce:

SELECT col1, col2 
FROM my_function() AS anon_1

Usando el parámetro _selectable de column() también podrías:

In [4]: fn = func.my_function().alias()

In [5]: stmt = select([column('col1', _selectable=fn),
   ...:                column('col2', _selectable=fn)])

In [6]: print(stmt)
SELECT anon_1.col1, anon_1.col2 
FROM my_function() AS anon_1

pero desde _selectable se deja sin documentar, esto podría no ser una buena idea.