Puede lograr esto seleccionando todos los nombres de columna de table2 que no también aparecen en table1 :
SELECT column_name
FROM information_schema.columns
WHERE table_schema = 'your_schema' AND table_name = 'table2'
AND column_name NOT IN
(
SELECT column_name
FROM information_schema.columns
WHERE table_schema = 'your_schema' AND table_name = 'table1'
)