Simplemente podría usar el REPLACE función para eliminar los guiones:
SELECT ...
FROM ...
WHERE REPLACE("Phonenumber", '-', '') LIKE '123456789'
AND ...
Alternativamente, procese las cadenas de su archivo de texto e inserte el guión entre los números cuarto y quinto, luego utilícelos para su consulta SQL.
Descargo de responsabilidad:no estoy familiarizado con la sintaxis de PostgreSQL, por lo que la consulta anterior puede no ser exactamente correcta (tomé mi ejemplo del SQL en la pregunta).
